商户清结算是指 商户与支付机构之间的资金清算和结算过程。在交易完成后，涉及到交易款项从支付机构转移到商户账户的过程，称为清结算。这一过程确保了交易资金的流动性和安全性。简单来说，就是支付机构对商户的交易款项进行核对、计算并转入商户账户的过程。

清结算的重要性在于它不仅关系到商户的资金流入，还涉及到商户的运营成本、资金周转等问题。

商户清结算业务流程通常包括支付流程、对账流程和结算流程三个小的业务体系，涉及商户、支付平台和银行（上游通道）三个部分。根据结算周期，清结算可分为D+0和T+1两种结算周期，其中D代表自然日，T代表工作日。

清结算系统是第三方支付系统按照与商户的协议，将一个结算周期内的收付款项汇总轧差生成待结算金额，并将待结算金额结算给商户的一个功能模块。结算是指银行按照结算周期对其直连商户的资金核算了结。第三方支付系统的清结算系统，虽然包含清结算三个字，但“清”仅仅只是清分，没有清算中心那样进行资金划拨的权利，结算倒是名符其实的结算，与银行对其直连商户的结算概念等同。

综上所述，商户清结算是确保交易资金安全、流动性的关键环节，涉及多个业务体系和参与方，并根据不同的结算周期进行资金清算和结算。