通过网站进行网上申报纳税的步骤如下：

申请开通网上纳税

前往当地的地税或国税局申请开通网上纳税服务。

准备并提交必要的资料，如营业执照、银行基本户开户许可证、组织机构代码证、代办人身份证、授权委托书等，并携带公司公章、法人章及财务章。

签订三方协议

与申请单位、银行及税务局签订三方协议，确保三方各自保存一份协议副本。

获取登录信息

签订三方协议后，税务局会开通网上纳税账号，并提供登录网址、账号和密码。

设置公司需要缴纳的税目和税率。

网上申报操作

使用提供的登录信息登录当地纳税网站。

根据公司需要缴纳的税目，填写并自动计算税费和税率。

逐一录入所有需要申报的税目，并提交缴款申请。

查询申报状态

提交缴款申请后，第二天登录网上申报系统查询税款是否已经缴纳或银行账户是否有相应支出。

如遇扣款不成功，需及时联系税务局或通过网上银行进行扣款。

打印纳税申报表

纳税成功后，在网上打印出纳税申报表，一式两份。

其中一份加盖公司公章后上报给税务局，另一份作为公司存档。

建议在操作网上申报时，确保所有填写的信息和上传的附件准确无误，并在提交前进行多次检查，以避免因操作失误导致申报失败或延误。同时，注意保护公司和个人信息安全，避免在公共网络环境下进行敏感操作。